Disegnare una semplice molecola con Isis Draw

(e relativo rendering 3D)

Isis Draw -attualmente è rilasciata la versione 2.5 per Window95/98 e successivi ha un'interfaccia abbastanza semplice. E' costituita da un foglio sul quale diseganre le molecole, da alcuni bottoni rappresentanti strutture cicliche già predisposte e da tools di disegno che comprendono anche diversi tipi di legame.

I menu a tendina si occupano delle diverse funzioni relative ai files, ad alcuni aspetti (ad es. il collegamento ad ISIS/Base e le funzioni stechiometriche), e alla scelta di eventuali modelli. Sono presenti diversi classi di modelli, ad es. tutti gli aminoacidi, gli anelli aromatici, le principali basi, carboidrati, gruppi funzionali orbitali ed altro ancora.

In questi appunti non verranno trattate le funzioni più complesse, ma solo i passi necessari per disegnare una semplice molecola.

Proviamo a disegnare la semplice molecola dell'acqua:

• Si clicca sul bottone "Atoms" che fa apparire un menù di scelta degli atomi più frequenti; scegliamo 2 atomi di H ed uno di O e li posizioniamo secondo la geometria ben nota a 105° circa e collegando gli atomi con legami semplici (single bond).

• Si seleziona la molecola con il tool "Lazo" e si passa al menu a tendina "Chemistry" alla voce "3D" e alla sottovoce "Create". Apparirà una finestra nella quale si indichera il range dell'angolo di legame:

• Evidenziando ancora la molecola con il "Lazo", attivando la voce del menù a tendina "Chemistry" sottovoce "View Molecule in RasMol" sarà possibile osservare il rendering 3D:

• La molecola così creata può essere salvata nel formato proprietario di Draw (.skc), per una successiva rielaborazione, o esportata in uno dei formati consentiti: MDL MOLfile e TGfile.
  

Nota: questi semplici passi hanno preso in esame solo alcune semplici caratteristiche di Isis Draw, tralasciando quelle più complesse. Anche la lunghezza del legame H - O (0.96 Å) non è stata correttamente considerata.

Aggiornamento

Isis Draw non è più rilasciato. Tuttavia, con un po' di buona volontà, è possibile reperirne una copia in qualche sito.

L'evouzione di Isis Draw è Accelrys Draw 4.0 che, pur con una interfaccia leggermente modificata e più attuale, sostanzialmente fa le stesse cose. Il programma è disponibile gratuitamente, in modalità academic, nel sito: http://accelrys.com/resource-center/downloads/freeware/. Nello stesso sito è disponibile il plugin Chime.