Creare una semplice pagina Web con Chime

 

Prima di procedere alla creazione di una pagina contenente una semplice molecola visualizzabile con Chemscape Chime, è opportuno ricordare che vi è un sito molto esaustivo i materia ove è possibile reperire manuali, esempi ed informazioni. Il sito è gestito dall'Università del Massachussets ed è reperibile all'Url http://www.umass.edu/microbio/chime .

In particolare è molto interessante la sezione "Programming Chime Web Pages" di Eric Martz.

Molte informazioni ed esempi qui riprodotti sono desunti da quelle pagine.

Per le molecole complesse è consigliabile l'uso del formato Brookhaven Protein Databank (PDB), che, però, a differenza di altri programmi  ad es. Chem3D pro, non è supportato da Isis Draw.

In locale può essere utilizzato, per molecole semplici, il formato MDL Molfile; su server web pare che non funzioni.

Per inserire una molecola in una pagina Web sono necessarie poche righe di codice HTML ed un piccolo script; ad esempio per la molecola sotto rappresentata (l'acqua che abbiamo disegnato con Isis Draw), il codice è il seguente:

<embed width="128" height="128" src="h2o.PDB" name="acqua1" Richiama il file h20.mol e gli assegna una dimensione di 128x128 pixel ed un nome.
script="

background green

wireframe 0.3

spacefill 0.6

zoom 150">

Script che determina, semplicemente:

Colore dello sfondo.

Rappresenta il legame come un cilindro del diametro indicato.

Rappresenta gli atomi come sfere con raggio di 1/250 di Angstrom.

Fattore di Zoom

Per la visualizzazione è necessario il plug-in Chime Reset

 

Volendo rappresentare la molecola con semisfere è sufficiente questo script:

<embed width="128" height="128" src="h2o.PDB" name="acqua1" Richiama il file h20.mol e gli assegna una dimensione di 128x128 pixel ed un nome
script="

background green

spacefill

zoom 150">

Script che determina, semplicemente:

Colore dello sfondo.

Rappresenta gli atomi come sfere.

Fattore di Zoom

Per la visualizzazione è necessario il plug-in Chime Reset

 

Per far ritornare la visualizzazione alla situazione di partenza è necessario aggiungere uno script di reset, associandolo ad un pulsante:

 

<embed type="application/x-spt"width="12" height="12" button="push" target="acqua2" Definisce l'applicazione e gli assegna una dimensione di 12x12 pixel, un'azione ed un target.
script="

reset

background green

wireframe

spacefill

zoom 150">

Script che determina, semplicemente:

Reset

Riporta alla situazione iniziale.

""

""

""

Lo script sopra riportato è riferito alla seconda molecola. Per la prima è sufficiente indicare i valori iniziali di wireframe e spacefill.

Chemscape Chime consente diversi controlli con il mouse sulla molecola rappresentata; i principali sono:

Azione Windows Macintosh
MENU Mouse Dx Tasto premuto
Rotazione X,Y Mouse Sn
-
Translazione X,Y Ctrl-Right# Command
Rotazione Z Shift-Mouse Dx Shift-Command
Zoom Shift-Mouse Sn Shift

 

© Istituto e Liceo  tecnico statale di Chiavari (Genova - Italia)