ChemWeb Italia: molecole in 3D

Molecole in 3D (Utilizzando ISIS Draw e Chime)

del prof. Roberto Bisceglia

La modellazione molecolare è una delle applicazioni più interessanti dell'informatica nella scienza chimica.

Nella sezione Software di queste pagine sono descritti alcuni programmi di modellazione molecolare 2D e 3D; alcuni sono programmi professionali di costo elevato, altri come ISIS Draw sono di pubblico dominio se utilizzati a scopo di studio e documentazione.

La software house MDLI, che produce Isis Draw, ha inoltre prodotto un plug-in, sia per Nestcape™ che per MS Internet Explorer™, che consente la visualizzazione in pagine Web di molecole 3D.

Il plug-in si chiama Chemscape Chime™ ed è rilasciato nella versione 2.6 SP5 ufficiale e consente la visualizzaione di file in formato MDL Molfile (incluso polimeri, Rgroups, 3D), MDL Rxnfile, Brookhaven Protein Databank (PDB), Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ, Gaussian Input, IEMBL Nucleotide Format, RasMol Script File, Mopac Input File, e Chemical Structure Markup Language File.

Visualizza strutture 3D in differenti formati: wireframe, backbone, sticks, spacefill, ball and stick, ribbons, strands, e cartoons.

Un menù consente all'osservatore di ruotare, ingrandire, spostare, modificarne i colori o il tipo di visualizzazione della molecola e di salvarne una copia o di trasferirla automaticamente nel programma Isis Draw per la rielaborazione.

Il plug-in è, inoltre dotato di un linguaggio script per la definizione dei parametri di visualizzazione.

Il plug-in è liberamente scaricabile a questo indirizzo , è utilizzabile sia nei sistemi Windows™ che Macintosh™ ed è compatibile con i browser Microsoft Explorer >5.x™,Netscape Communicator >4.x™, Mozilla ed Opera .

Per una corretta visualizzazione delle pagine seguenti è, appunto, necessario avere il plug-in installato.

Nelle prossime pagine: